La flore intestinale, ou microbiote, est un écosystème vivant et dynamique, essentiel à notre santé digestive, immunitaire et métabolique. Si elle se construit dès la naissance, elle peut aussi se dégrader sous l’effet de nos modes de vie modernes. Voici ce que révèle la recherche actuelle sur les principales causes de déséquilibre du microbiote — et comment y remédier.
🚼 Naissance et premières expositions : tout commence dès le début
👶 Naissance par césarienne
Lors d’un accouchement par voie basse, le bébé est exposé à la flore vaginale et fécale de sa mère, ce qui enrichit immédiatement son microbiote. En revanche, une naissance par césarienne prive le nouveau-né de ce premier contact bactérien : il est colonisé par les bactéries de la peau ou de l’environnement hospitalier, moins diversifiées.
➡️ Pour compenser cela, certaines maternités expérimentent l’ensemencement vaginal (vaginal seeding), en appliquant un prélèvement vaginal maternel sur le bébé après la césarienne. Cette technique vise à rétablir une colonisation naturelle, mais elle reste encore en phase d’évaluation.
🤱 Absence d’allaitement maternel
Le lait maternel — surtout le colostrum — contient plus de 700 espèces bactériennes, ainsi que des prébiotiques et des anticorps. Il favorise la croissance de bifidobactéries, essentielles au développement d’un microbiote sain. Sans allaitement, la flore du nourrisson est moins diversifiée et potentiellement moins protectrice.
💊 Médicaments et traitements : le revers des soins modernes
💣 Antibiotiques
Les antibiotiques détruisent aussi bien les mauvaises que les bonnes bactéries. Une prise prolongée ou répétée peut provoquer une dysbiose, réduisant la diversité bactérienne et favorisant des pathogènes opportunistes.
✅ Après un traitement antibiotique, il est conseillé de soutenir la flore avec :
une alimentation riche en fibres et en aliments fermentés,
des probiotiques ciblés, si nécessaire.
💊 Autres médicaments
Des molécules courantes comme :
les anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS),
les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP),
certains laxatifs ou contraceptifs hormonaux
peuvent aussi perturber la flore intestinale.
🍔 L’alimentation moderne : un terrain glissant pour le microbiote
🍬 Excès de sucres et aliments ultra-transformés
Les régimes riches en sucres rapides, graisses saturées, additifs et produits ultra-transformés :
favorisent la prolifération de levures comme Candida albicans,
réduisent la diversité bactérienne,
augmentent le risque de troubles digestifs, d’inflammation et de déséquilibre métabolique.
🥩 Excès de viande
Une consommation élevée de viande rouge ou transformée stimule certaines bactéries pro-inflammatoires, réduit la diversité du microbiote et génère des composés (amines, nitrosamines) irritants pour la muqueuse intestinale.
🌾 Trop de fibres d’un coup ?
Si les fibres sont indispensables à une bonne flore, une augmentation trop brutale chez une personne peu habituée peut entraîner :
ballonnements,
gaz,
gêne digestive.
Cela s’explique par la fermentation accrue par certaines bactéries, productrices de méthane ou d’hydrogène.
✅ Solution : introduire les fibres progressivement, et varier les sources (fruits, légumes, céréales complètes, légumineuses).
🌈 Manque de diversité alimentaire = flore appauvrie
Plus l’alimentation est monotone, plus la flore perd en richesse. Chaque type d’aliment offre des substrats différents à des familles bactériennes spécifiques. Il est donc crucial de :
varier les aliments au quotidien,
inclure des aliments fermentés naturels (kéfir, choucroute crue, miso, kombucha…),
consommer une grande variété de fibres végétales.
🔥 Autres facteurs aggravants
😰 Stress et sédentarité
Le stress chronique agit directement sur le microbiote via l’axe intestin-cerveau. Il peut altérer la perméabilité intestinale et favoriser certaines bactéries inflammatoires. De même, le manque d’activité physique limite la diversité bactérienne.
🚬 Pollution, tabac, excès d’hygiène
Ces facteurs environnementaux réduisent l’exposition aux micro-organismes bénéfiques et affaiblissent le microbiote.
🐾 Et les animaux dans tout ça ?
Les animaux de compagnie, notamment chiens et chats, enrichissent le microbiote de toute la famille, surtout chez les jeunes enfants. Ils introduisent dans le foyer des bactéries de l’environnement extérieur, ce qui augmente la diversité bactérienne et pourrait réduire les risques d’allergies et d’obésité infantile.
🦠 Les probiotiques : utiles, mais pas magiques
Les probiotiques (en compléments ou via les aliments fermentés) peuvent aider à restaurer une flore déséquilibrée, notamment après :
une prise d’antibiotiques,
des troubles digestifs chroniques,
ou une exposition à des facteurs perturbateurs.
Mais leur efficacité dépend :
des souches bactériennes utilisées,
de leur quantité,
et de la régularité de la prise.
⚠️ Ils ne remplacent pas une alimentation variée et riche en fibres !
🔬 Recherche française : cartographier la flore
Le projet Le French Gut, porté par l’INRAE, a pour objectif de cartographier le microbiote intestinal de 100 000 volontaires en France. Il permettra de mieux comprendre les liens entre flore intestinale, alimentation, environnement et maladies chroniques, et de développer des stratégies nutritionnelles et médicales personnalisées.
🧾 À retenir
👉 Le microbiote intestinal peut se dégrader sous l’effet :
d’une naissance par césarienne sans ensemencement vaginal,
de l’absence d’allaitement,
d’une prise d’antibiotiques ou de certains médicaments,
d’un régime trop riche en sucres, viandes ou aliments transformés,
du manque de diversité alimentaire,
du stress, de la sédentarité, de la pollution ou du tabac.
👍 Mais il est possible de restaurer une flore saine :
en adoptant une alimentation variée et progressive en fibres,
en consommant des aliments fermentés vivants,
en limitant les médicaments perturbateurs,
en vivant dans un environnement plus riche micro-biologiquement (nature, animaux, etc.),
et en soutenant la flore si besoin avec des probiotiques adaptés.